1974年 (昭和49年)京都大学防災研究所に「宮崎地殻変動観測所」として設置される
1976年 (昭和51年)宮崎観測点における地殻変動・地震観測を開始
1986年 (昭和61年)伊佐観測点における地殻変動観測を開始
1986年 (昭和61年)串間観測点における地殻変動・地震観測を開始
1986年 (昭和61年)大隅観測点における地殻変動観測を開始
1986年 (昭和61年)高城観測点における地殻変動・地震観測を開始
1986年 (昭和61年)宿毛観測点における地殻変動・地震観測を開始
1990年 (平成2年)京都大学防災研究所に「地震予知研究センター」が設置されたのに伴い,同センター附属宮崎観測所となる
1996年 (平成8年)宮崎市沖の日向灘でMj6.9(10月),Mj6.7(12月)の地震が発生
2005年 (平成17年)伊佐・大隅・串間・高城観測点における地震観測を終了
2011年 (平成23年)霧島山・新燃岳の噴火(約300年ぶりのマグマ噴火)
2015年 (平成27年)串間観測点における地震観測を再開
2016年 (平成28年)平成28年(2016年)熊本地震が発生
2017年 (平成29年)宮崎観測所におけるGNSS観測を開始
2017年 (平成29年)槙峰観測点における地殻変動連続観測を休止
2017年 (平成29年)10月に霧島山・新燃岳が7年ぶりに噴火
2018年 (平成30年)霧島山・新燃岳の噴火(2011年以来のマグマ噴火)
2018年 (平成30年)串間・高城・大隅観測点における地殻変動連続観測を休止,宮崎観測所研究棟新館1Fに強震計を設置
2018年 (平成30年)初の一般公開を開催(京大ウィークス2018)
2018年 (平成30年)伊佐観測点におけるGNSS観測を開始
2019年 (令和元年)宮崎市沖の日向灘でMj6.3の地震が発生
2022年 (令和4年)延岡市沖の日向灘でMj6.6の地震が発生
2022年 (令和4年)改組に伴い,防災研究所附属地震災害研究センター附属宮崎観測所となる
2023年 (令和5年)宮崎県と防災研究所が連携協定を締結
2024年 (令和6年)宮崎公立大学と防災研究所が学術交流協定を締結
2024年 (令和6年)宮崎市沖の日向灘でMj7.1の地震が発生,南海トラフ地震臨時情報が初めて発表される
2026年 (令和8年)観測など一部の機能を残して、宮崎公立大学凌雲会館へ移転